La Secretaría Académica de la Universidad Autónoma “Benito Juárez” de Oaxaca (UABJO) tienen como objetivo colaborar en el cumplimiento de las tareas sustantivas de la universidad respecto a: investigación, docencia, vinculación y difusión del conocimiento, velando por la calidad y actualidad de las mismas.

Dentro de sus principales actividades se encuentran:

• Contribuir a la formación integral del estudiante.
• Buscar el mejoramiento de la planta académica.
• Fortalecer la investigación.
• Fortalecer y consolidar la formación universitaria del bachillerato al posgrado.
• Desconcentrar y diversificar la oferta educativa.
• Fortalecer del desarrollo de la universidad.
• Atender el cierre de brechas de calidad.
• Fortalecer la educación continua, a distancia y abierta.
• Fortalecer y consolidar la movilidad académica.
• Reorganizar la estructura académica.
• Reestructurar las instancias de apoyo académico.
• Vincular a los universitarios y universitarias con el mercado laboral.
• Vincular a la universidad con el sector público.